模具缺陷与寿命：纳米级模具易受污染或磨损，影响图案保真度，需开发抗腐蚀材料（如类金刚石涂层）和原位检测技术。

气泡与填充不均匀：压印过程中胶层可能残留气泡，或边缘区域填充不足，需优化压力分布和胶层厚度控制。

多步套刻精度：复杂器件需多次压印套刻，累计误差可能超过允许范围，需高精度对准系统（如激光干涉测量）。